Als bio-informaticus ben ik eigenlijk een soort kruising tussen een wetenschapper en een programmeur. Alhoewel een datawetenschapper met eender welk soort data aan de slag kan, geef ik de voorkeur aan biologische, biotechnologische en biomedische data die typisch het resultaat zijn van experimenten of staalanalyses. Mijn expertise ligt in het verwerken, visualiseren en bewaren van dergelijke, vaak grote hoeveelheden, aan data.

Veel kleinere labo’s en bedrijven hebben niet de kennis of middelen in huis om een voltijdse bio-informaticus in dienst te nemen. Wij spelen daarop in via praktijkgericht onderzoek vanuit de opleiding bio-informatica en dienstverlening binnen ons kenniscentrum bio-informatica.

We kunnen applicaties op maat maken om data te analyseren en visualiseren, al dan niet in combinatie met databanken voor dataopslag en databeheer. Door scripts te schrijven, is het de bedoeling repetitief werk te vermijden en taken te automatiseren. Via de grote hoeveelheden publiek beschikbare data lukt het ook om nieuwe hypothesen te genereren en nieuwe inzichten te verwerven. Via een interne samenwerking met de opleiding biomedische laboratoriumtechnologie kunnen we ook stalen verwerken in het labo en de resultaten daarvan analyseren. Dit kan een heel interessante totaaloplossing zijn voor werkveldpartners.

Als één van mijn eerste eigen onderzoeksprojecten (2009) kregen we de vraag om; ter gelegenheid van de 200ste verjaardag van Charles Darwin, de evolutie van een superfamilie van belangrijke genen bij de mens te bestuderen. Die publicatie in een klein internationaal tijdschrift is ondertussen al meer dan 400 keer internationaal geciteerd geweest door andere wetenschappers. Ik ben toen ook gevraagd geweest als adviseur voor de naamgeving van dat type menselijke genen. Die resultaten en erkenning zijn tot op vandaag nog altijd de zaken waarop ik het meest trots ben.

Samen met de collega’s van biomedische laboratoriumtechnologie werken we met nanopore technologie, de nieuwste derde generatie sequencing technologie. Hiermee kan je snel en betaalbaar de code van DNA, RNA en binnenkort ook eiwitten in allerlei soorten stalen analyseren. De toepassingen zijn enorm.

Via targeted sequencing kunnen we screenen op genetische verschillen die kunnen leiden tot bepaalde aandoeningen in het kader van preventieve en gepersonaliseerde gezondheidszorg. Via microbiële identificatie kunnen we bacteriën die grote risico’s vormen snel identificeren.

De nanopore sequencing technologie werd recent ingezet bij de coronapandemie om het genoom van het virus te bepalen en om stalen te kunnen testen. Duidelijk future proof technologie waar we voluit willen op inzetten in samenwerking met het werkveld!

Aan onderzoek doen, is voor mij meer een hobby dan een job. Ik hou van een nieuwe uitdaging, om een nieuw probleem op te lossen, om een script te schrijven die taken kan automatiseren en om een applicatie op maat te maken.

We krijgen zelden exact dezelfde vraag voorgelegd, maar toch kan er veel van wat we doen en maken hergebruikt worden. De bio-informatica blijft ook ongelooflijk evolueren. Ik leer zelf nog graag bij en hou van een uitdaging. Iets wat perfect kan binnen dit spectaculaire vakgebied.